- Сектор за електроенергетика
- Одделение за правни и економски работи во областа на елекртоенергетиката
- Одделение за електроенергетика и технички работи
- Одделение за проекти, производство, снабдување и пазар со електрична енергија
- Одделение за проекти, пренос и дистрибуција на електрична енергија
- Сектор за обновливи извори на енергија
- Одделение за планирање и развој на енергетиката во областа на обновливи извори на енергија
- Одделение за проекти во областа на обновливи извори на енергијата
- Одделение за унапредување на капацитетите во областа на обновливите извори на енергија
- Одделение за правни и управни работи во областа на обновливите извори на енергија
- Сектор за енергетска ефикасност и климатски промени
- Одделение за енергетска ефикасност
- Одделение за унапредување на енергетската ефикасност во секторот на потрошувачка на енергија
- Одделение за енергетски менаџмент
- Одделение за унапредување на енергетската ефикасност во секторите на производство на енергија и висока ефикасна когенерација
- Одделение за одржлив развој и климатските промени во енергетиката
- Сектор за нафта и гас
- Одделение за техничко- технолошки работи во областа на нафтата и гасот
- Одделение за нафта и гас
- Одделение за опрема под притисок
- Одделение за правни и управни работи во областа на нафтата и гасот
- Одделение за економски работи и следење на состојбата во областа на нафтата и гасот
- Сектор за геологија и рударство
- Одделение за геолошки истражувања и рударство
- Одделение за геолошки истражувања на минералните суровини
- Одделение за подземни води, геотермални ресурси и геолошки истражувања
- Одделение за рударство
- Одделение за рударски отпад, санација и рекултивација на рудниците
- Одделение за правни и економски работи во областа на геологијата и рударството
- Сектор за меѓународна соработка и ЕУ интеграција
- Одделение за меѓународна соработка
- Одделение за ЕУ интеграција
- Одделение за управување со проектите
- Одделение за планирање и програмирање на проектите
- Одделение за спроведување и следење на проектите
- Сектор за општи, правни работи и административни работи
- Одделение Кабинет на министерот
- Одделение за општи работи
- Одделение за правни работи
- Сектор за финансиски прашања
- Одделение за буџетска координација
- Одделение за буџетска контрола
- Одделение за сметководство и плаќања
- Сектор за јавни набавки
- Одделение за подготовка и поддршка на јавни набавки
- Одделение за реализација на постапки за јавни набавки
- Секторот за информатички технологии и телекомуникации
- Одделение за системска администрација и заштита
- Одделение за деловни системи
- Сектор за управување со човечки ресурси
- Одделение за персонална евиденција и персонални работи
- Одделение за спроведување на постапките за управување со човечките ресурси
Во министерството за енергетика, рударство и минерални суровини функционираат и три органи:
- Биро за метрологија
- Државен инспекторат за техничка инспекција
- Геолошки завод