1. SEKTORI PËR ENERGJI ELEKTRIKE, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
1.1.Departamentit për tregun e energjisë elektrike dhe konsumatorët e cenueshëm të energjisë;
1.2.Departamenti për projekte, prodhim dhe furnizim me energji elektrike;
1.3.Departamenti për zhvillimin e projekteve dhe ndjekjen e gjendjes në sistemin e transmetimit dhe shpërndarjes së energjisë elektrike.
2. SEKTORI PËR BURIME TË RINOVUESHME TË ENERGJISË, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
2.1.Departamenti për projekte në fushën e burimeve të rinovueshme të energjisë;
2.2.Departamenti për përmirësimin e kapaciteteve në fushën e burimeve të rinovueshme të energjisë.
3. SEKTORI PËR EFIKASITET ENERGJETIK DHE NDRYSHIME KLIMATIKE,në përbërje të të cilit janë këto departamente:
3.1.Departamenti për efikasitet energjetik;
3.2.Departamenti për menaxhim energjetik dhe përmirësim të efikasitetit energjetik në sektorin e konsumit të energjisë dhe në sketorin e prodhimit të energjisë dhe kogjenerimit me efikasitet të lartë;
3.3. Departamenti për zhvillim të qëndrueshëm dhe ndryshime klimatike në energjetikë
4. SEKTORI PËR NAFTË DHE GAZ, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
4.1.Departamenti për naftë
4.2.Departamenti për gazë natyror
4.3.Departamenti për karburante të gjelbra
5. SEKTORI PËR GJEOLOGJI, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
5.1.Departamenti për hulumtime gjeologjike të lëndëve minerale;
5.2. Departamenti për hulumtime hidro – gjeologjike, gjeologji inxhinierike dhe gjeofizike;
5.3.Departamenti për ndjekjen e hulumtimeve themelore gjeologjike në miniera
6. SEKTORI PËR MINIERA, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
6.1. Departamenti për shfrytëzimin e lëndëve minerale;
6.2.Departamenti për mbetje minerave, sanim dhe rekultivim të minierave dhe mbrojtje të mjedisit jetësor;
6.3.Departamenti për ndjekjen e kontratave për koncesione dhe arkëtimin e kompensimeve koncesionare;
7. SEKTORI PËR PARTNERITET PUBLIKO – PRIVAT DHE KONCESIONE, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
7.1. Departamenti për partnertitet publiko – privat si koncesion dhe për koncesione mbi të mirat me interes të përgjithshëm
7.2.Departamenti për evidencën e partneritetit publiko – privat si prokurim publik
8. SEKTORI PËE BASHKËPUNIM NDËRKOMBËTAR, NATO DHE INTEGRIME NË BE DHE MENAXHIM KRIZASH, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
8.1.Departamenti për bashkëpunim ndërkombëtar, integrime në BE dhe NATO;
8.2.Departamenti për menaxhimin e projekteve
8.3.Departamenti për menaxhim të krizave.
9. SEKTORI PËR TEKNOLOGJI INFORMATIKE DHE TELEKOMUNIKACIONE, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
9.1.Departamenti për administrim të sistemeve dhe mbrojtje
9.2.Departamenti për sisteme të biznisit..
10. SEKTORI PËR PUNË TË PËRGJITSHME DHE ADMINISTRATIVE, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
10.1. Departamenti për punë të përgjithshme
10.2. Departamenti për punë administrative
10.3. Departamenti për korrdinimin e punës së Inspektoratit Shtetëror për Energji, Miniera dhe Burime Minerale
11. SEKTORI PËR PUNË NORMATIVE – JURIDIKE DHE ORGANIZATIVE, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
11.1. Departamenti për punë normative – juridike nga kompetenca e ministrisë,
11.2. Departamenti për procedura gjyqësore
11.3. Departamenti për punë organizative nga kompetenca e ministrisë
11.4. Departamenti për automjete motorike dhe rregullore teknike
12. SEKTORI PËR ÇËSHTJE FINANCIARE, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
12.1. Departamenti për korrdinim buxhetor
12.2. Departamenti për kontroll buxhetor
12.3. Departamenti për kontabilitet.
13. SEKTORI PËR PROKURIME PUBLIKE, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
13.1. Departamenti për përgatitje dhe mbështetje të prokurimeve publike
13.2. Departamenti për realizimin e procedurave të prokurimeve publike.
14. SEKTORI PËR MENAXHIMIN E BURIMEVE NJERËZORE, në përbërje të të cilit janë këto departamente:
14.1. Departamenti për evidencë personale dhe çështje të personelit
14.2. Departamenti për zbatimin e procedurave për menaxhimin e burimeve njerëzore.
15. SEKTORI PËR KABINETIN E MINISTRIT, në përbërje të të cilit janë këto departamente: :
15.1. Departamenti për mbështetje administrative – teknike të ministrit
15.2. Departamenti për marrëdhënie me publikun
15.3.Departamenti për protokoll.
Në Ministrinë e Energjisë, Minierave dhe Burimeve Minerale funksionojnë edhe tre organe:
- Byroja për Metrologji
- Inspektorati Shtetëror për Inspektim Teknik
- Instituti Gjeologjik